Ngoài các điều chỉnh nhỏ để phản ánh sự khác biệt về thiết kế phần cứng, phần mềm hệ thống của Nintendo 2DS cũng giống với phần mềm 3DS, tương thích với tất cả các game được phát hành cho 3DS và DS (ngoại trừ những game yêu cầu khe cắm Game Boy Advance), và cung cấp các tính năng trực tuyến như Nintendo Network cho nhiều người chơi và chơi trò chơi trực tuyến, Nintendo eShop để tải xuống và mua trò chơi cũng như StreetPass và SpotPass.